O Saúde Caixa possui um programa de reembolso de medicamentos de uso contínuo a alto custo, para diversas patologias,  tais como alzheimer, aplasia medular, cirrose biliar, doença de Crohn, doença mieloproliferativa, doença óssea de Paget, epilepsia, esclerose múltipla, esquizofrenia,fibromialgia, hepatite crônica viral, hipertiroidismo, insuficiência renal crônica, neoplasia maligna, osteoporose, Parkinson, síndrome de imunodeficência, transplante de medula e transtorno bipolar.

Considera-se uso contínuo e de  alto custo, para este programa, medicamentos, cujo preço mensal ultrapasse R$ 150,00 (cento e cinquenta reais) e cuja necessidade de utilização ultrapasse seis meses, e somente para aqueles utilizados para uma das patologias descritas acima, excluindo-se aqueles que tratam de efeitos colaterais.
O Saúde Caixa reembolsa apenas medicamentos para patologias não custeadas pelo Sistema de Saúde – SUS e medicamentos registrados no Ministério da Saúde, tomando-se como referância os guias farmacêuticos Brasíndice ou Simpro. O medicamento importado só é reembolsado se não houver similar ou genérico nacional. Caso haja o medicamento no Brasil, o reembolso é pelo menor valor, desde que atenda à indicação técnica prevista pelo médico assistente. Não se reembolsa medicamentos de marca e sim o princípio ativo, salvo se não houver similar no Brasil.
Os aposentados e pensionistas para fazer jus ao programa, devem encaminhar para a Gerência de Pessoas Curitiba – GIPES-CT os documentos abaixo relacionados, para análise e aprovação da cobertura:

1.             Requerimento Pessoal (o mesmo se encontra disponível na tela inicial do site www.caixa.gov.br/saudecaixa , onde deverá constar obrigatoriamente o e-mail de contato);

2.             Relatório médico circunstanciado constando a patologia ou diagnóstico, CID e duração do tratamento e medicamento a ser utilizada;

3.            Prescrição do medicamento pelo médico assistente, quantidade de diárias necessárias e a previsão do tempo de utilização;

4.            Cópia de laudos de exames laboratoriais e/ou de imagem atuais que comprovem a condição de saúde se for o caso.

 Se o parecer for desfavorável, a GIPES-CT fará uma comunicação ao interessado, por e-mail, com as devidas explicações. Os aprovados terão sua documentação encaminhada para a Matriz, que fará uma análise e emitirá a decisão final sobre a cobertura.

Aqueles que tiverem seus processo com parecer favorável, para posterior reembolso, deverão apresentar Nota Fiscal, contendo apenas os medicamentes aprovados, com o nome do titular ou beneficiário, discriminação do produto adquirido, valor unitário e total, data da emissão, CNPJ do fornecedor e número da Nota Fiscal ou cupom.